دولت روحانی درحالی آخرین روزهای عمر خود را سپری می‌کند که برخی از چهره‌ها و نیروهای آن خیلی پیش‌تر از گردونه برون افتاده و حذف شده بودند. افرادی که یا از پس اختلافات درون دولتی که همواره یک سر آن واعظی و نزدیکانش بوده است، کنار گذاشته شدند و یا آنقدر حاشیه داشتند که دولت تصمیم گرفت با حذف آنان غائله را بخواباند.
بردار رئیس جمهور
مثلا حسین فریدون، برادر جناب رئیس جمهوری که برخی او را چشم و گوش حسن روحانی می‌دانستند، یکی از همین افراد است که درست وقتی در سریر قدرت بود، حذف شد. او دستیار ویژه سابق رئیس‌جمهور، مشاور محمدجواد ظریف و از اعضاء سابق تیم مذاکره‌کننده بود. در دولت یازدهم حسابی مطرح بود و می‌تازاند. در اغلب جلسات هیات دولت حاضر بوده و همیشه کنار برادرش دیده می‌شد. حاشیه‌های بسیاری هم داشت. از عیادت از کروبی به نمایندگی از رئیس جمهور در سال 94 گرفته تا دست داشتن در پرونده حقوق‌های نجومی. او در آن قضیه به دخالت و اصرار در استخدام علی صدقی به سمت ریاست بانک رفاه کارگران متهم بود. حواشی پیرامون فساد اقتصادی او از اواخر 95 بالا گرفت و تابستان سال بعد که کارش به زندان کشید. حسین فریدون از همان وقت‌ها غیب شد اما پرونده او همیشه محل سوال و ابهام بود. در سال 98 بالاخره حکم او نیز صادر شد و سخنگوی قوه‌قضائیه اعلام کرد که وی به اتهام اخذ رشوه به ۵ سال حبس قطعی و رد مال به مبلغ ۳۱ میلیارد تومان محکوم شده‌است. 
آقای مشاور
محمدرضا صادق از دیگر چهره‌هایی است که از دولت روحانی کنار گذاشته شد. او در دولت یازدهم مشاور رئیس جمهور و به عبارتی همه‌کاره بود اما یک باره ورق برایش برگشت. او در سال 92 رئیس کمیته تبلیغات ستاد انتخاباتی هاشمی رفسنجانی بود و بعد از آنکه شورای نگهبان او را رد صلاحیت کرد و ستاد هم منحل شد، به یکی از چهره‌ها موثر در تیم روحانی تبدیل شد. حتی در مستند تبلیغاتی او نیز حاضر بود. گفته می‌شد که صادق در واقع رابط هاشمی و روحانی است. در وصف نفوذ او در دولت اول روحانی همین بس که اغلب اخبار از قول او در رسانه‌ها منتشر می‌شد.  او حتی در اولین سفر روحانی به نیویورک به منظور شرکت در مجمع عمومی سازمان ملل همراه روحانی بود. بعدتر اما یکبار غیب شد و نهایتا در اوایل سال 95 به عنوان سفیر ایران در کرواسی منصوب شد.
وزیر نهادگرا
یکی دیگر از نیروهای روحانی یکباره کنار گذاشته شد، وزیر نهادگرای او یعنی علی طیب نیا بود. وزیر اقتصاد دولت یازدهم که اتفاقا خیلی هم روی نگرش و تفکرات اقتصادی او مانور می‌دادند. طیب‌نیا سه بار از مجلس کارت زرد گرفت اما در دولت مشکلی نداشت تا اینکه با تیم اقتصادی مقابل خود در دولت به اختلاف خورد. در پی همین اختلافات حذف شد و برخی معتقدند که همین رویکرد دولت مبنای اشتباهات اقتصادی بعدی بود. 
اکبر ترکان در آن مقطع زمانی علت کنار گذاشتن طیب نیا را بیماری قلبی اعلام کرد اما کسی باورش نشد.  اغلب گمانه‌ها حول محور اختلافات او با دولت بود و برخی حتی می‌گفتند که اختلافات مذکور خیلی ریشه‌دارتر از این حرف‌ها بود و به سال 92 برمی‌گردد که برخی اطرافیان روحانی در مجمع تشخیص مصلحت به نظریه های نئوکلاسیکی و بازار آزاد متمایل شدند و طیب نیا بیشتر به نهادگرایی علاقه نشان داد.
این اختلافات اما در سال دوم دولت اول روحانی خودش را نشان داد. همان وقتی که سه وزیر مطرح خطاب به رئیس جمهور نامه نوشت و در آن از ادامه وضعیت اقتصادی کشور ابراز نگرانی کردند.. این اختلاف در ایام انتخابات 96 به اوج خود رسید و طیب‌نیا عملا هیچ حمایت مستقیمی برای انتخاب مجدد روحانی نکرد. در پی همین اختلافات نهاوندیان، ترکان، نوبخت و نیلی که اختلافات اساسی با طیب نیا در موضوعات اقتصادی داشتند، پنبه او را زدند.
مهره‌های اقتصادی
بعد از طیب‌نیا اما نوبت به حذف نهاوندیان رسید. رئیس دفتر روحانی در دولت اول که جایش را به محمود واعظی چهره پرحاشیه دولت دارد و از حلقه نخست روحانی حذف شد. حذف وی البته در ابتدا زیرپوستی بود چون به جای رئیس دفتری پست معاونت اقتصادی رئیس جمهور را گرفته بود اما هرچه اوضاع اقتصادی آشفته‌تر می‌شد، نهاوندیان هم بیشتر غیب می‌شد. 
مسعد نیلی ریس ستاد هماهنگی اقتصادی دولت دوازدم نیز از دیگر مهره‌هایی است که به نوعی غیب شد. او یکی از چهره‌ها موثر در تیم اقتصادی روحانی بود اما در پی بالا گرفتن اختلافات درون دولتی حذف شد. 
همین شد که در دولت دوم روحانی نه جهانگیری فرمانده اقتصادی بود، نه خبری از طیب نیا ، حتی نهاوندیان و نیلی بود. حلقه نزدیکان روحانی روز به روز تنگ‌تر شد تا آنجایی که فقط واعظی در آن باقی بماند.
وزیر بهداشت حذفی
سیدحسن قاضی‌زاده هاشمی نیز اگرچه برند روحانی در حوزه بهداشت و سلامت بود و روحانی همیشه به اقدامتش در این حوزه افتخار کرده است، در پی اختلافاتی که در دولت بالا گرفته بود، حذف شد. او اختلافات جدی و عمیقی با محمدباقر نوبخت و محمود واعظی داشت و حتی دم رفتن جملات تندی هم بینشان رد و بلد شد، برنده اما باز هم تیم واعظی بود و این نیروی اصلاح‌طلبان در دولت که حتی یک گزینه احتمالی برای انتخابات ریاست جمهور به حساب می‌آمد، یکباره کنار گذاشته شد. آنچه که علنی شد البته اعتراض قاضی‌زاده هاشمی به بودجه حوزه سلامت در سال 98 بود. خلاصه آنکه قاضی‌زاده استفعا داد و در جلسات دولت حاضر نشد تا اینکه نمکی در دی ماه 97 جای او را گرفت.
استعفای جنجالی
عباس آخوندی از دیگر چهره‌های مهم و اثرگذار در دولت روحانی بود که کنار گذاشته شد. برخی او را سهمیه ناطق نوری در دولت روحانی می‌دانستند اما نهایتا از دولت کنار گذاشته و به مرود تبدیل به یکی از جدی‌ترین و تندترین منتقدان دولت شد. او البته در دولت دوم روحانی نیز همچنان وزیر بود و به رقم سه بار استیضاح شدن، در این سمت باقی بود اما تقریبا شش ماه بعد از آخرین استیضاح نامه استعفایی که از قبل نوشته بود را رسانه‌ای کرد و کنار کشید. آن هم درحالی که در آستانه استیضاح قرار داشت و چند هفته‌ای می‌شد که اخباری با مضمون استعفای او منتشر و تکذیب شده بود. بعدتر معلوم شد که او در پی اختلافاتی در درون دولت کنارگذاشته شده است. برخی از رسانه‌ها نیز این استعفا را ناشی از چرخش روحانی به سوی سیاست‌های نیلی و نوبخت دانستند.